История Института химии начинается с химического факультета Саратовского государственного университета им. Н.Г. Чернышевского - старейшего в России учебно-научного центра, осуществлявшего подготовку высококвалифицированных специалистов-химиков по аналитической, неорганической, органической и биоорганической, физической, технической химии, электрохимии, полимерам, материаловедению, химиков-педагогов и экологов в области химии. Он берет свое начало с организации в 1909 году кафедры химии на единственном тогда медицинском факультете только что открытого университета. У истоков факультета стояла замечательная плеяда первых профессоров НА. Шлезингера, В.В. Челинцева, В.П. Голуба — выпускников Московского и С-Петербургского университетов, приглашенных на работу в университет в первые годы его существования.

Самостоятельным учебным подразделением университета факультет стал в 1929 году, когда страна взяла курс на развитие собственной химической промышленности, и в ряде университетов, в том числе Московском и Ленинградском, появились химические факультеты. Постепенно росло число кафедр факультета, квалификация его сотрудников, число профессоров. Защитили докторские диссертации и стали профессорами Я.Я. Додонов, А.Б. Шахкельдиан. В 1933 году членом-корреспондентом АН СССР был избран В.В. Челинцев, а в 1935 году он получил звание заслуженного деятеля науки. В 1935-37 и 1942-44 г.г. на факультете работал проф. Б.П. Никольский, впоследствии академик АН СССР. Значительным событием было открытие в 1945 году Научно-исследовательского института Химии (НИИ Химии СГУ). Совместная работа ученых факультета и НИИ Химии привели к возникновению учебно-научного комплекса (УНК), в котором решались задачи как фундаментального, так и прикладного характера, необходимые для развития Саратовского региона. Так, внедрение процесса каталитической конверсии саратовского газа с водяным паром на Саратовском жировом комбинате привело к пуску первого в СССР промышленного производства водорода из метана. При активном участии факультета строился нефтеперерабатывающий завод. Большие работы были проведены по исследованию химического состава саратовских нефтей, сланцев, газа. В этот период на факультете работали проф. С.А. Гликман (1945—1966 г.г.) и Л.М. Кульберг (1950—1955 г.г.), защитили докторские диссертации А.А. Пономарев и Н.В. Шишкин (1954), И.С. Мустафин (1960), Ю.Н. Усов (1967), А.Л. Львов (1968), Н.И. Никурашина (1972). В 1950—1965 г.г. ректором СГУ являлся его выпускник, профессор Р.В. Мерцлин, проректорами СГУ в разное время были В.П. Голуб, Н.В. Шишкин, Л.С. Гембицкий, СП. Муштакова, И.А. Казаринов.

Шло время, накапливался опыт и все более быстрыми темпами шел рост числа специалистов высшей квалификации. После 1975 года на факультете уже защищалось от 5 до 10 кандидатских диссертаций в год. Сначала эпизодически — Чернова Р.К. (1981 г.), Муштакова СП., Кривенько А.П., Клименко С.К. и Севостьянов В.П. (1987 г.), а затем, с 1990 года практически ежегодно начались зашиты докторских диссертаций.

В успехи факультета большой вклад на разных этапах внесли деканы А.В. Фортунатов, В.А. Седавкина, О.В. Сиванова, Р.К. Чернова, И.А. Казаринов, С.Н. Штыков, О.В. Федотова.

В 2004 году НИИ Химии СГУ вошёл в состав НИИ ЕН, как отделение химии. В 2005 году на факультете была открыта новая специальность "Химическая технология природных энергоносителей и углеродных материалов" и сделан первый набор инженеров. Эта специальность стала конкурентноспособной в университете.

Решением Ученого совета СГУ и приказом ректора химический факультет и отделение химии НИИ ЕН были реорганизованы в Институт химии СГУ в феврале 2009г. (Приказ 728-В от 31.12.2008г. "О реорганизаци путем слияния химического факультета и Отделения Химии НИИ ЕН в Институт химии с 01.02.2009г.") Это стало возможным в связи с укреплением связей с предприятиями химического, нефтехимического профиля, появлением на кафедрах значительного числа разработок внедренческого характера, а также и в результате реализации инновационного проекта, главной целью которого явилось развитие на базе классических традиций университетского образования новых моделей химического и химико-технологического образования и их интеграции на качественно новом уровне с наукой и производством.
При этом оказались затронутыми устоявшиеся в ВУЗах принципы подготовки специалистов с учетом рейтинга специальностей, специализаций и особенностей региона, его промышленных предприятий и бизнес-структур, работающих в области химической, нефте-, газодобывающей, перерабатывающей, энергосберегающей промышленности, био- и нанотехнологий, биологически активных веществ, фармпрепаратов, экологии. В Институте химии обеспечивается непрерывный учебно-научно-производственный цикл в области образования. Институт химии обеспечен суперсовременным оборудованием, что в совокупности с центром коллективного пользования выводит научные исследования на качественно новый уровень.