Зоологический музей Саратовского государственного университета им. Н.Г. Чернышевского сравнительно молодой. Он был основан в 1909 г. по инициативе доктора биологических наук, профессора Б.И. Бирукова. Первая научная коллекция, состоящая из 300 видов бабочек и 500 видов жуков тропической фауны, была подарена музею купечеством г. Саратова. Далее музей пополнялся представителями фауны всех континентов планеты. В настоящее время он является самым большим музеем в Нижневолжском регионе. Его экспозиции составляют более 5 тыс. экземпляров. Научный фонд музея сегодня насчитывает более 30 тыс. экземпляров региональной фауны. Научные коллекции Зоологического музея являются постоянным источником информации о составе фауны Нижневолжского региона, что особенно актуально в отношении амфибий, рептилий, птиц и млекопитающих, сборы по которым на территории Поволжья до недавнего времени были крайне скудны.

Музей с момента его основания успешно развивался, однако периоды войн негативно отразились на его состоянии. Некоторые коллекции погибли без должного ухода. Начало формирования орнитологической научной коллекции связано с именем доцента И.Б. Волчанецкого, который возглавил единую кафедру зоологии в 1931 г. Повторное возрождение фондовых коллекций птиц началось в послевоенные годы и максимального развития они достигли к концу 1960-х годов благодаря усилиям доцента кафедры зоологии Л.А. Лебедевой и других сотрудников биологического факультета. Однако большая часть этих сборов безвозвратно утеряна во время пожара летом 1992 г., когда в огне погибло более тысячи научно-коллекционных шкурок птиц. Восстановление коллекции началось лишь спустя несколько лет и связано с именами сотрудников и студентов кафедры морфологии и экологии животных: Е.В. Завьялова, Т.А. Капрановой, А.В. Лобанова, Ю.А. Малининой, А.А. Баюнова, Н.Н. Якушева и др. В этот же период под руководством профессора Г.В. Шляхтина проводится полная реконструкция Зоологического музея университета, которая заканчивается к весне 1999 г.

В конце 90-х – начале 2000-х гг. на основе анализа коллекционных сборов Зоологического музея Саратовского госуниверситета и эталонных материалов крупнейших музеев России и Украины проводится ревизия таксономического статуса птиц, обитающих в Саратовской области. В наиболее наглядной и научной форме эти исследования выполнены на примере представителей семейств славковых, мухоловковых, воробьиных, вьюрковых, синициевых. Эти же таксономические группы птиц явились объектом исследования морфологических и демографических показателей мигрантов долины р. Волги и ее правобережных притоков. Отдельные публикации сотрудников музея были посвящены таксономическому статусу нижневолжских популяций береговой ласточки, болотной и тростниковой камышевок, среднего дятла. Детальный характер имеют исследования, проведенные на основе анализа коллекционных фондов Зоологического музея Саратовского госуниверситета в 2000 г. и посвященные таксономическому статусу сороки в регионе. Они позволили выдвинуть предположение о наличии в пределах Саратовской области широкой зоны интерградации номинативной и западно-азиатской форм вида.

С целью пополнения орнитологических фондов ежегодно проводятся полевые экспедиционные исследования, в результате которых была обследована обширная территория юго-запада России и других территорий: Н. Поволжье, Среднее Подонье, Предкарпатье, Подолье, Калмыкия, Предкавказье, Западный Казахстан, Алтай, Западная Сибирь, Северный Прикаспий и др. В результате отдельных экспедиций в музей поступало до 1000 научно-коллекционных экземпляров, что позволило собрать фонды международного значения. В настоящее время орнитологическая коллекция зоологического музея насчитывает более 3 тыс. экземпляров птиц, относящихся к 180 видам. Наиболее полно в коллекции представлены воробьинообразные птицы, занимающие в ней около 70%. Часть видов (Passer montanus, Luscinia svecica и др.) представлена в орнитологических фондах сериями из 30–60 и даже 100 экземпляров. Сравнительно богаты сборы ржанкообразных, дневных хищников, ракшеобразных и дятлообразных, которые составляют около 700 экземпляров.

Накопление традиционных фаунистических сборов позволило, например, документально подтвердить гнездование в долине р. Волги индийской камышевки на начальных этапах ее расселения, выявить начало и проследить хронологию проникновения в левобережье Саратовской области большого баклана, широкохвостой и тонкоклювой камышевок, подтвердить гнездование лутка на крайнем юго-востоке саратовского Заволжья. Анализ коллекционных сборов неоднократно использовался различными исследователями с целью изучения периодичности инвазий кедровки в пределах региона, подтверждения зимовки на севере Волгоградской области, а также в волжской долине среднего дятла, его размножение в долине р. Дона на широте Городищенского административного района и т.д.

Продолжительной и плодотворной вехой в развитии герпетологических фондов музея является деятельность Отдела применения научно-исследовательской лаборатории отравляющих веществ Наркозема. На его основе в основном формировались первичные фонды герпетологического материала. Достаточно указать, что в ходе многочисленных экспедиционных исследований под руководством Б.К. Фенюка и Е.И. Орлова в 1926–1927 гг. было передано на хранение в Зоологический музей университета 144 экземпляра 13 видов пресмыкающихся, собранных, преимущественно в Северо-Западном Прикаспии.

Возрождение фондовых коллекций пресмыкающихся началось в послевоенные годы благодаря усилиям профессора, доктора биологических В.С. Елпатьевского и других сотрудников биологического факультета. Восстановление проходило наиболее интенсивно в конце 1980-х – начале 1990-х гг. и связано с именами сотрудников и студентов кафедры морфологии и экологии животных: Г.В. Шляхтина, В.В. Аникина, А.В. Беляченко, А.С. Усова, М.В. Ермохина, Е.В. Завьялова, К.А. Сонина, В.Г. Табачишина, Н.Н. Якушева и др.

В настоящее время герпетологическая коллекция зоологического музея насчитывает более 2 тыс. экз. пресмыкающихся, относящихся к 55 видам. Наиболее полно в коллекции представлены настоящие ящерицы и ужеобразные, занимающие в ней около 80%. Часть видов (Natrix natrix, Phrynocephalus guttatus и др.) представлена в герпетологических фондах сериями из 25–40 и даже 60 экземплярами. Сравнительно богаты сборы гадюковых змей, которые составляют около 200 экземпляров. Накопление традиционных фаунистических сборов позволило документально подтвердить обитание в пойме р. Хопер живородящей ящерицы, выявить новые поселения разноцветной ящурки в саратовском Заволжье. Анализ коллекционных сборов неоднократно использовался различными исследователями с целью изучения динамики распространения узорчатого полоза в пределах региона, для подтверждения обитания круглоголовки-вертихвостки в долине р. Дона и др.

В составе фондов музея имеются представители, занесенные в Международую, Российскую и региональную Красные книги. Такой материал не имеет аналогов в других хранилищах и является единственным источником информации, необходимой для решения многих спорных таксономических вопросов. Музей оснащен современной компьютерной техникой, презентационной аудио- и видеоаппаратурой. В 2002 г. музею был присвоен статус самостоятельного структурного подразделения университета.

Научная коллекция Зоологического музея пополняется и в настоящее время: только за последние 5 лет под руководством доцента Н.Н. Якушева и профессора Е.В. Завьялова группой сотрудников и студентов биологического факультета собрано, определено и изготовлено свыше 1 тыс. научно-коллекционных тушек птиц 150 видов; собрано около 500 экземпляров рептилий свыше 30 видов; 700 экземпляров амфибий 10 видов. Коллекция по энтомофауне, собранная под руководством профессора В.В. Аникина, включает более 4 тыс. экземпляров 1500 видов. Продолжалось пополнение коллекции млекопитающих (доценты А.В. Беляченко и К.А. Сонин).

В музее систематически работают ученые не только Поволжского региона, но российские и зарубежные коллеги. Его коллекция широко используется при подготовке дипломных работ, кандидатских и докторских диссертаций. Музей проводит большую научно-просветительскую деятельность среди школьников и жителей Саратовской области. В его штатном расписании в настоящее время 8 сотрудников. По итогам открытого конкурса грантов Министерства образования РФ в 2003 г. Зоологический музей включен в число уникальных объектов высшей школы в составе университета, что позволило пополнить его оснащение современной оргтехникой и аппаратурой. При нем на общественных началах постоянно работает группа таксидермистов.

На современном этапе ведется активная работа по каталогизации фондов Зоологического музея. В настоящее время уже вышли из печати два каталога, посвященные орнитологическим и герпетологическим сборам. В период подготовки этих изданий осуществлялся обмен коллекционными сборами с крупнейшими российскими и европейскими зоологическими музеями. Например, в результате сотрудничества и обмена осуществлялось поступление в музей коллекций из Дальневосточного, Казанского и Ростовского музеев. Пополнение фондов Зоологического музея Саратовского госуниверситета за счет сборов сотрудников биологического факультета позволило отнести его научные фонды к числу крупнейших европейских орнитологических коллекций. Часть собранных орнитологических материалов была передана на хранение в Зоологический музей Гамбургского университета (Zoological Museum of University of Hamburg), что позволило использовать их при подготовке Европейского определителя птиц по перьям (Identification Guide to the Feathers of European Birds) и германского определителя перьев птиц (Bestimmungsbuch für Rupfungen und Mauserfedern).